生物燃料顆粒的出現對緩解世界資源短缺問題作出了一定的貢獻，它是利用農作糧食、秸稈等為原材料，然后進行深加工，得出我們所用的生物質顆粒燃料。但是由于它的主要原材料來源糧食等，所以它也帶來了一些問題，下面我們進行探討分析具體有哪些問題。

生物多樣性方面
生物燃料可能帶來的問題大規(guī)模使用生物燃料也有可能帶來使農業(yè)及生態(tài)遭受重大影響的風險。能源作物種植滲入自然景觀這一后果顯然將導致棲息地破壞和割裂，從而直接造成生物多樣性的喪失。若生物質的種植和管理過程中采用不可持續(xù)的農業(yè)做法（如過度使用化肥可能造成土壤流失或板結），則可進一步造成生物多樣性喪失。

耕地方面
可用于能源生物質種植的土地面積是有限的，能源生物質種植可能同現有的農用土地構成競爭。聯合國在《可持續(xù)能源：決策者框架》報告指出，生物燃料的生產會通過占用土地和其他所需資源，進而影響糧食足量供給，而且那些生產生物燃料的農作物往往需要最好的土地、大量水資源和化學肥料。

糧食生產方面
用麻瘋樹可用于生產生物燃料，這些作物可生長在不適于糧食作物生長的荒地、幾乎不需施肥，其種子亦不可食用，對糧食生產影響更小。但有科學家認為：有些第三世界國家的農民，可能會為了賺錢，而把原本用來生產糧食作物的土地，拿來種植能源作物，其發(fā)展有減少糧食生產的危險性。